Мобилизационный отдел  осуществляет воинский учет обучающихся граждан и сотрудников Университета, бронирование граждан, пребывающих в запасе и предоставление отсрочек от призыва на военную службу по мобилизации и в военное время, а также взаимодействует с  Военными комиссариатами Республики Башкортостан и других регионов РФ. Деятельность отдела по мобилизационной работе определяется законодательством РФ о мобилизационной подготовке, военной службе и воинской обязанности, нормативными документами вышестоящих организаций, Уставом университета. Отдел является самостоятельным структурным подразделением Университета. В соответствие п. 3 ст. 12 Федерального закона от 26.02.1997 № 31-ФЗ «О мобилизационной подготовке и мобилизации в Российской Федерации» отдел подчиняется непосредственно ректору университета.

Основные функции отдела:

• Реализация полномочий ректора в вопросах мобилизационной подготовки и мобилизации Университета в соответствии с Федеральным законом «О мобилизационной подготовке и мобилизации в Российской Федерации» от 26.02.1997 № 31-ФЗ;
• Осуществление воинского учета работающих и обучающихся военнообязанных граждан;
• Бронирование работающих и обучающихся военнообязанных граждан от призыва по мобилизации и на военное время;
• Обеспечение работающим и обучающимся военнообязанным гражданам исполнение воинской обязанности.