Отдел кадров как самостоятельное структурное подразделение был создан с первых дней основания Башкирского государственного педагогического института для формирования первого состава коллектива педагогов для организации и обеспечения учебного процесса, работников административно-хозяйственных служб для создания и обеспечения материально-технической базы института.

Приказом ректора № 1а от 9 января 1998 г. отдел кадров был объединен с канцелярией и переименован в общий отдел. Приказом ректора № 2202-к от 5 декабря 2006 г. произошло разделение общего отдела и отдела кадров. Приказом ректора № 419-к от 12 марта 2007 г. из структуры отдела кадров выделен как отдельное структурное подразделение отдел трудоустройства студентов. В соответствии с приказом от 06 февраля 2019 г. № 40/о «О внесении изменений в структуру Университета» отдел кадров включен в структуру Управления по общим и правовым вопросам. В соответствии с приказом от 28 июня 2019 года № 353/о «О внесении изменений в структуру Университета» Управление по общим и правовым вопросам переименовано в Управление по кадровым и юридическим вопросам и вошло в состав Департамента по общим и правовым вопросам.

В настоящее время отдел кадров входит в состав Управления по кадровым и юридическим вопросам Департамента по общим и правовым вопросам и является структурным подразделением университета, обеспечивающим оформление и сопровождение трудовых отношений.